自然人可以以有限公司的股权作为合伙企业的出资额。这个过程中需要缴纳个人所得税和印花税。
个人所得税：
个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。个人应在发生上述应税行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。
依据：
《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税[2015]41号)
印花税：
自然人合伙人以股权投资设立合伙企业，合伙人和合伙企业分别按“产权转移书据”缴纳印花税。产权转移书据包含企业股权转让书据。
依据：国税发[1991]155号

1.转让财产份额不属于印花税列明的应税行为，不缴印花税。参考
国家税务总局深圳市税务局2019年8月15日对于“合伙企业转让合伙份额是否需要按产权转移书据税目缴纳印花税？”解答如下，转让合伙企业合伙份额所立的书据不属于印花税列举的应税凭证，不征印花税。
2.第一种方式下，低价转让股权行为价格不公允，税局存在不认可的风险。在转让价公允情况下，两种方式无差别，都属于个人转让股权和投资同时发生。
以上，供参考，谢谢。